Файл  learnct_v0.3.jar  -- это внешняя Java программа, сделанная одним файлом и рассчитанная на обучение томографии как метода.

Com Tom  -- Программа компьютерной томографии

Программа состоит из нескольких модулей. Первоначально она имела всего один модуль, который и сейчас является главным. Его номер 3 (Tomography). Этот модуль ориентирован на работу с данными в виде картинок в формате tiff, и на просмотр картинок томограмм отдельно от программы. В нем есть дополнительная операция создания входных данных из обычной картинки jpg или png формата. Этот модуль имеет свой файл описания программы и там все написано, что надо делать и как. 

Новый вариант программы расширяет ее функциональность. Он может работать также и с файлами данных совершенно произвольного формата. Так основной модуль работает только с данными по поглощению. Однако бывает флуоресцентная томография и много других методов. Бывает так, что экспериментальные данные совсем не готовы для использования основного модуля. Для этой цели в программу был включен дополнительный модуль, который предшествует основному расчету, если это необходимо и имеет номер 2 (Projections).

Но так как, с одной стороны, число возможных вариантов задания данных бесконечно, с другой стороны, программа еще не доделана до нужной степени, используется смешанный подход. Вместо входных данных пользователю предлагается редактировать сам ACL код программы. То есть не только входные данные расчета, но и методы расчета. Пока сделано 3 процедуры. Рассмотрим 1-ю процедуру. В ней можно устанавливать разные рабочие папки и параметры. В примере установлена папка (s/vkCT/var015). В этой папке есть внутренняя папка (s) и в ней файл данных (sin015.dat) в коде компьютера 4 байта на число, M=225 точек на проекцию и K=256 проекций.

Программа сначала создает шапку tiff файла с данными параметрами, а затем записывает 256 файлов с названиями типа s000.tif, где вместо 000 стоят числа от 0 до 255. Эти файлы записываются в указаннную установленную папку (s/vkCT/var015). Это и есть входные данные для основного модуля программы. Параметр Q используется для нормировки. Преобразование данных зависит от многих факторов и параметров.

Но исходно данные были представлены в другой форме, в файле (sino8201.txt). Это огромный текстовый файл из 4-х колонок, в котором нужные нам числа записаны только в 4-ю колонку. 2-я процедура как раз и выполняет преобразование файла (sino8201.txt) в файл (sin015.dat), который использует 1-я процедура, и показывает этот файл графически в виде картинки.  3-я процедура преобразовывает другой файл в другой папке перед его рисованием.

Для примера в архиве программы есть файл (var015/s/syno8201.txt). Запускаем модуль 2 и выбираем &=2. Выходим из редактора и запускаем программу. В результате ее работы появляется файл (var015/s/sin015.dat), а также картинка этого файла. Программа работает не очень быстро, то есть не оптимизирована, но время ожидания небольшое. Снова запускаем модуль 2 и выбираем &=1. В результате работы программы в папке (var015) появляется 256 файлов с расширением tif. Эти картинки имеют размер 512*1. Теперь все готово для запуска программы томографии.

Запускаем ее по 3 номеру, все входные данные готовы, только сначала надо выбрать номер операции 1. А после того, как он отработает, повторить программу с номером 2. Этот расчет самый медленный. В результате работы программы в папке (var015) появится еще одна папка с именем (r) и в ней будут картинки синограммы и томограммы. Синограмма совпадает с той, которая уже есть в папке (s), а томограмма и есть результат работы программы.

Если картинки проекций записаны экспериментально сразу в файлы tiff, то модуль номер 2 не нужен, можно сразу начинать с номера 3. Описание программы томографии есть в ней самой по кнопке [Help]. Там же есть ссылки на онлайн документы. 

Дополнительные модули 4 и 5 показывают картинки синограммы и топограммы с номером 0000. Их удобно использовать, когда записаны проекции только одного слоя по вертикали. Когда слоев много, то они показывают только первый слой. Это легко исправить, но пока не сделано.            

    

